La Contraloría General de la Nación cuestionó los resultados de la Política Integral Migratoria durante el periodo 2018-2021. Dentro de los puntos de estudio, destacaron la falta de seguimiento financiero de los aportes internacionales, la mala distribución del presupuesto que se debía destinar a las regiones para el manejo de la problemática y la caracterización no institucionalizada de la migración en tránsito.
El órgano de control fiscal, a través de un estudio realizado por la Dirección de Estudios Sectoriales de la Contraloría delegada para la Gestión Pública e Instituciones Financieras, encontró algunos aspectos débiles dentro de las dinámicas migratorias de Colombia.
Dentro del reporte de la Contraloría, se resaltó el esfuerzo económico del país para atender la problemática. El Presupuesto General de la Nación destinó $2.72 billones en el desarrollo de la Política Integral Migratoria; el 99,1% concentrada en la población venezolana. A su vez, la cooperación internacional le aportó a la Agencia Presidencial para la Cooperación Internacional, APC, US$1.144 millones. Sin embargo, según el órgano de control, no hubo un sistema de información que consolidara la ejecución de los recursos destinados por las fuentes de financiación ni la APC no hizo un seguimiento riguroso de los aportes internacionales.
Por otro lado, teniendo en cuenta los 2.468.786 venezolanos inscritos en el Registro Único de Migrantes Venezolanos, el ente de control afirmó que la caracterización hecha por el Gobierno Nacional fue limitada en tanto que no identificaron las necesidades prioritarias de esta población como la inclusión laboral, la vivienda o la educación; solo se centraron en variables sociodemográficas.
Finalmente, en cuanto a la migración en tránsito, la Contraloría concluyó que las caracterizaciones hechas fueron esporádicas y no se institucionalizaron. Afirmaron que hubo un subregistro de migrantes y colombianos retornados a pesar de que se registraron 1.454.116 migrantes en el puesto de control migratorio y se tramitaron 28.190 solicitudes de colombianos retornados.